সিবিআই সূত্রে জানা গিয়েছিল, মঙ্গলবার শাহজাহানের বিরুদ্ধে এফআইআর দায়ের করার প্রক্রিয়া শুরু হয়ে গিয়েছিল। এদিন সন্ধ্যায় ভবানী ভবন পৌঁছন দক্ষিণবঙ্গের এডিজি সুপ্রতিম সরকার। কিন্তু, সমস্ত রকম প্রস্তুতির পরেও এদিন শেখ শাহজাহানকে হেফাজতে পায়নি সিবিআই। সেই কারণে ধোঁয়াশা তৈরি হয়। জানা গিয়েছে, হাইকোর্টের এই নির্দেশের বিরুদ্ধে সুপ্রিম কোর্টে আবেদন করতে চলেছে রাজ্য সরকার। সেই কারণে, শেখ শাহজাহানকে এদিন হেফাজতে পায়নি সিবিআই কর্তারা।
গত ৫ জানুয়ারি সন্দেশখালিতে ইডি আধিকারিকদের উপর হামলার ঘটনা ঘটেছিল। কেন্দ্রীয় সংস্থা ইডির তরফে হাইকোর্টে মামলা দায়ের করা হয়। ইডি আধিকারিকদের উপর হামলার ঘটনায় রাজ্য পুলিশকে নিয়ে সিট গঠন করা হয়েছিল। তবে সেই সিট গঠনের হাইকোর্টের একক বেঞ্চের সিদ্ধান্ত খারিজ করে দেয় ডিভিশন বেঞ্চ। প্রধান বিচারপতির ডিভিশন বেঞ্চ সিট দিয়ে তদন্ত করানোর নির্দেশ খারিজ করে দেয়। ডিভিশন বেঞ্চ মঙ্গলবার এই ঘটনার তদন্ত ভার সিবিআইয়ের হাতে দেওয়ার নির্দেশ দিয়েছিল। এমনকি, বিকেল চারটার মধ্যে সিবিআইয়ের হাতে শেখ শাহজাহানকে তুলে দেওয়ার নির্দেশ দেওয়া হয়েছিল।
ন্যাজাট থানা এবং বনগাঁ থানায় দায়ের হওয়া সমস্ত অভিযোগের ভিত্তিতে তদন্তভার সিবিআইয়ের হাতে তুলে দেওয়ার সিদ্ধান্তের কথা জানিয়েছে কলকাতা হাইকোর্ট। তবে হাইকোর্টের ডিভিশন বেঞ্চে এই রায়কে চ্যালেঞ্জ জানিয়ে সুপ্রিম কোর্টের দ্বারস্থ হচ্ছে রাজ্য সরকার বলে জানা গিয়েছে। শীর্ষ আদালতে জরুরি ভিত্তিতে এই মামলার শুনানি আর্জি জানিয়েছে রাজ্য। যদিও, এই আর্জিতে সুপ্রিম কোর্ট এখনও সাড়া দেয়নি।
সন্দেশখালি কাণ্ডের পর থেকেই তৃণমূল নেতা শেখ শাহজাহানকে গ্রেফতারের দাবি তুলে আন্দোলন চালিয়ে আসছিল গ্রামের মহিলারা। কয়েক সপ্তাহ ধরে রণক্ষেত্রের চেহারা ন্যায় সন্দেশখালি। যদিও, সিট এর তদন্ত প্রক্রিয়ার উপর স্থগিতাদেশ আছে বলে রাজ্য পুলিশ তাকে গ্রেফতার করতে পারছে না বলে জানানো হয়। পরে হাইকোর্ট বিষয়টি পরিষ্কার করলে শেখ শাহজাহানকে গ্রেফতার করে রাজ্য পুলিশ।